تمثل ألوان الخطوط الأربعة — الأصفر والأبيض والأحمر والأزرق — جزر موهيلي ومايوت وأنجوان وجزر القمر الكبرى على التوالي. يرمز الهلال إلى الدين الرئيسي للدولة، وهو الإسلام.

تم اعتماد العلم الحالي في عام 2001 ويحمل معنى السعي لتحقيق الوحدة كدولة اتحادية مع احترام الحكم الذاتي لكل جزيرة. يظهر هذا الإيموجي المثل السياسية وآمال جزر القمر في التعايش المتناغم بين جزرها المختلفة.