يدل اللون الأبيض في العلم على الثلج على قمم الجبال والسلام، بينما يمثل اللون الأزرق الفاتح الحرية والسماء. الأبراج الثلاثة في الوسط هي رمز مهم يمثل الحصون الثلاثة التي تحمي سان مارينو.

تأسست سان مارينو على يد مسيحي فر من الاضطهاد من الإمبراطورية الرومانية وتعتبر "الحرية (LIBERTAS)" أهم قيمة لها. هذه الكلمة جزء أساسي من هوية الأمة، حتى أنها منقوشة على شعار النبالة. إنها ترمز إلى روح استقلال صغيرة لكنها قوية.