Το μπλε τρίγωνο αντιπροσωπεύει τον ποταμό Νείλο, την πηγή της ζωής, ενώ το κίτρινο αστέρι μέσα σε αυτό υποδηλώνει την ελπίδα και την ενότητα του έθνους. Με αυτόν τον τρόπο, η σημαία ενσωματώνει την ταυτότητα του Νοτίου Σουδάν και τις ελπίδες του για το μέλλον.

Ο σχεδιασμός αυτής της σημαίας προέρχεται από τη σημαία του Λαϊκού Απελευθερωτικού Κινήματος του Σουδάν, το οποίο οδήγησε τη χώρα στην ανεξαρτησία. Χρησιμοποιεί επίσης παναφρικανικά χρώματα (κόκκινο, πράσινο και μαύρο), που είναι κοινά σε πολλές αφρικανικές σημαίες, για να εκφράσει την αλληλεγγύη με την αφρικανική ήπειρο. Έτσι, μπορεί να χρησιμοποιηθεί συμβολικά για να μιλήσει κανείς για ανεξαρτησία, νέα ξεκινήματα και ελπίδα.