El triángulo azul representa el río Nilo, fuente de vida, mientras que la estrella amarilla en su interior significa la esperanza y la unidad de la nación. De esta manera, la bandera encarna la identidad de Sudán del Sur y sus esperanzas para el futuro.

El diseño de esta bandera deriva de la bandera del Movimiento de Liberación del Pueblo de Sudán, que llevó al país a la independencia. También utiliza los colores panafricanos (rojo, verde y negro), comunes en muchas banderas africanas, para expresar solidaridad con el continente africano. Por lo tanto, puede usarse simbólicamente para hablar de independencia, nuevos comienzos y esperanza.