El blanco de la bandera significa la nieve de las cimas de las montañas y la paz, mientras que el azul claro representa la libertad y el cielo. Las tres torres del centro son un símbolo importante que representa las tres fortalezas que protegen San Marino.

San Marino fue fundado por un cristiano que huía de la persecución del Imperio romano y considera la «Libertad (LIBERTAS)» su valor más importante. Esta palabra es una parte clave de la identidad de la nación, e incluso está inscrita en el escudo de armas. Simboliza un espíritu de independencia pequeño pero fuerte.