این پرچم از رنگ‌هایی استفاده می‌کند که نماد پان‌آفریقانیسم هستند. قرمز به معنای انقلاب سوسیالیستی، سبز نماینده کشاورزی و فراوانی، و ستاره به معنای امیدی است که آینده را هدایت می‌کند.

این پرچم در سال ۱۹۸۴ تحت رهبری توماس سانکارا، زمانی که نام کشور به بورکینافاسو به معنای «سرزمین مردمان درستکار» تغییر یافت، به تصویب رسید. این پرچم اراده‌ای قوی برای رهایی از استعمار و ساختن آینده‌ای جدید را در خود دارد.