رنگ سفید روی پرچم نماد برف روی قله‌های کوه و صلح است، در حالی که آبی روشن نشان‌دهنده آزادی و آسمان است. سه برج در مرکز، نماد مهمی هستند که سه قلعه محافظ سان‌مارینو را نشان می‌دهند.

سان‌مارینو توسط یک مسیحی که از آزار و اذیت امپراتوری روم فرار می‌کرد تأسیس شد و «آزادی (LIBERTAS)» را مهم‌ترین ارزش خود می‌داند. این کلمه بخش کلیدی هویت این ملت است و حتی بر روی نشان ملی نیز حک شده است. این نماد روحیه کوچک اما قوی استقلال است.