خورشید روی پرچم به معنای «خورشید نوین آزادی» است و از متن سرود ملی الهام گرفته شده است. این طرح که در سال ۱۹۹۵ به تصویب رسید، به نمادی از آغاز جدید این ملت تبدیل شد.

پیش از این، از «خورشید ورجینا»، نماد پادشاهی باستانی مقدونیه، استفاده می‌شد، اما به دلیل یک اختلاف تاریخی با یونان به طرح فعلی تغییر یافت. این یک مورد جالب از پرچمی است که تاریخ پیچیده و کشمکش‌های هویتی بین ملت‌ها را در خود جای داده است.