Le soleil au centre représente la liberté, et les trois étoiles symbolisent les îles principales des Philippines : Luçon, les Visayas et Mindanao. La couleur bleue symbolise la paix et le rouge le courage, ce qui lui confère une signification profonde.

La chose la plus intéressante à propos de ce drapeau est qu'il peut être inversé. En temps de paix, la bande bleue est en haut, mais en temps de guerre, c'est la bande rouge, symbolisant le courage, qui est hissée au sommet. Un drapeau national dont le design change en fonction de la situation est très rare dans le monde.