Le triangle bleu représente le Nil, source de vie, tandis que l'étoile jaune à l'intérieur symbolise l'espoir et l'unité de la nation. Ainsi, le drapeau incarne l'identité du Soudan du Sud et ses espoirs pour l'avenir.

Le design de ce drapeau est dérivé de celui du Mouvement populaire de libération du Soudan, qui a mené le pays à l'indépendance. Il utilise également les couleurs panafricaines (rouge, vert et noir), communes à de nombreux drapeaux africains, pour exprimer la solidarité avec le continent africain. Il peut donc être utilisé symboliquement pour parler d'indépendance, de nouveaux départs et d'espoir.