झंडे पर सफ़ेद रंग पहाड़ की चोटियों पर बर्फ़ और शांति को दर्शाता है, जबकि हल्का नीला रंग स्वतंत्रता और आकाश का प्रतिनिधित्व करता है। केंद्र में तीन टावर एक महत्वपूर्ण प्रतीक हैं जो सैन मेरीनो की रक्षा करने वाले तीन किलों का प्रतिनिधित्व करते हैं।

सैन मेरीनो की स्थापना रोमन साम्राज्य के उत्पीड़न से भाग रहे एक ईसाई ने की थी और यह 'स्वतंत्रता (LIBERTAS)' को अपना सबसे महत्वपूर्ण मूल्य मानता है। यह शब्द राष्ट्र की पहचान का एक प्रमुख हिस्सा है, यहाँ तक कि इसे राष्ट्रीय चिह्न पर भी अंकित किया गया है। यह स्वतंत्रता की एक छोटी लेकिन मज़बूत भावना का प्रतीक है।