चार धारियों के रंग—पीला, सफ़ेद, लाल और नीला—क्रमशः मोहेली, मैयट, अंजुआन और ग्रांडे कोमोर द्वीपों का प्रतिनिधित्व करते हैं। अर्धचंद्र देश के मुख्य धर्म, इस्लाम का प्रतीक है।

वर्तमान ध्वज 2001 में अपनाया गया था और यह प्रत्येक द्वीप की स्वायत्तता का सम्मान करते हुए एक संघीय राज्य के रूप में एकता बनाए रखने का अर्थ रखता है। यह इमोजी कोमोरोस के विभिन्न द्वीपों के सामंजस्यपूर्ण सह-अस्तित्व के लिए राजनीतिक आदर्शों और आशाओं को दर्शाता है।