नीला त्रिकोण जीवन के स्रोत, नील नदी का प्रतिनिधित्व करता है, जबकि इसके अंदर का पीला तारा राष्ट्र की आशा और एकता को दर्शाता है। इस तरह, यह झंडा दक्षिण सूडान की पहचान और भविष्य के लिए उसकी आशाओं का प्रतीक है।

इस झंडे का डिज़ाइन सूडान पीपुल्स लिबरेशन मूवमेंट के झंडे से लिया गया है, जिसने देश को स्वतंत्रता दिलाई। यह अफ्रीकी महाद्वीप के साथ एकजुटता व्यक्त करने के लिए कई अफ्रीकी झंडों में आम पैन-अफ्रीकी रंगों (लाल, हरा और काला) का भी उपयोग करता है। इस प्रकार, इसका उपयोग प्रतीकात्मक रूप से स्वतंत्रता, नई शुरुआत और आशा के बारे में बात करने के लिए किया जा सकता है।