Il sole al centro rappresenta la libertà e le tre stelle simboleggiano le isole principali delle Filippine: Luzon, Visayas e Mindanao. Il colore blu simboleggia la pace e il rosso il coraggio, racchiudendo un significato profondo.

La cosa più interessante di questa bandiera è che può essere invertita. In tempo di pace, la striscia blu è in alto, ma in tempo di guerra, la striscia rossa, che simboleggia il coraggio, viene issata in cima. Una bandiera nazionale che cambia il suo design a seconda della situazione è molto rara nel mondo.