Il triangolo blu rappresenta il fiume Nilo, fonte di vita, mentre la stella gialla al suo interno simboleggia la speranza e l'unità della nazione. In questo modo, la bandiera incarna l'identità del Sud Sudan e le sue speranze per il futuro.

Il design di questa bandiera deriva da quella del Movimento di Liberazione del Popolo del Sudan, che ha guidato il paese all'indipendenza. Utilizza anche i colori panafricani (rosso, verde e nero), comuni in molte bandiere africane, per esprimere solidarietà con il continente africano. Pertanto, può essere usata simbolicamente per parlare di indipendenza, nuovi inizi e speranza.