青い三角形は生命の源であるナイル川を、その中の黄色い星は国の希望と団結を意味します。このように、旗は南スーダンのアイデンティティと未来への期待を込めています。

この旗のデザインは、南スーダンの独立を導いた「スーダン人民解放運動」の旗に由来しています。また、多くのアフリカ諸国の国旗に見られるパン・アフリカン・カラー(赤、緑、黒)を使い、アフリカ大陸との連帯感を表してもいます。そのため、独立、新たな始まり、希望を語る時に象徴的に使うことができます。