4色の縞模様である黄色、白、赤、青は、それぞれモヘリ島、マヨット島、アンジュアン島、グランドコモロ島を意味します。三日月は国の主要な宗教であるイスラム教を象徴しています。

現在の国旗は2001年に採択されたもので、各島の自治権を尊重しつつ、連邦国家としての統合を目指すという意味が込められています。複数の島が調和して共存しようとするコモロの政治的な理想と希望を示す絵文字と言えるでしょう。