파란 삼각형은 생명의 원천인 나일강을, 그 안의 노란 별은 나라의 희망과 단결을 의미해요. 이처럼 깃발은 남수단의 정체성과 미래에 대한 기대를 담고 있어요.

이 깃발의 디자인은 남수단의 독립을 이끈 '수단인민해방운동'의 깃발에서 유래했어요. 또한, 많은 아프리카 국가 깃발에서 보이는 범아프리카색(빨강, 초록, 검정)을 사용하여 아프리카 대륙과의 유대감을 나타내기도 해요. 그래서 독립, 새로운 시작, 희망을 이야기할 때 상징적으로 쓸 수 있어요.