네 개의 줄무늬 색상인 노랑, 하양, 빨강, 파랑은 각각 모엘리, 마요트, 앙주앙, 그랑드코모르 섬을 의미해요. 초승달은 국가의 주된 종교인 이슬람을 상징하죠.

현재의 국기는 2001년에 채택되었으며, 각 섬의 자치권을 존중하면서 연방 국가로서의 통합을 추구하는 의미를 담고 있어요. 여러 섬이 조화롭게 공존하려는 코모로의 정치적 이상과 희망을 보여주는 이모지라고 할 수 있습니다.