Niebieski trójkąt reprezentuje Nil, źródło życia, a żółta gwiazda w jego wnętrzu symbolizuje nadzieję i jedność narodu. W ten sposób flaga ucieleśnia tożsamość Sudanu Południowego i jego nadzieje na przyszłość.

Wzór tej flagi pochodzi od flagi Ludowego Ruchu Wyzwolenia Sudanu, który doprowadził kraj do niepodległości. Używa ona również barw panafrykańskich (czerwony, zielony i czarny), powszechnych na wielu afrykańskich flagach, aby wyrazić solidarność z kontynentem afrykańskim. Dlatego może być używana symbolicznie, gdy mowa o niepodległości, nowych początkach i nadziei.