Cztery kolory pasów – żółty, biały, czerwony i niebieski – reprezentują odpowiednio wyspy Mohéli, Majotta, Anjouan i Wielki Komor. Półksiężyc symbolizuje główną religię narodu, islam.

Obecna flaga została przyjęta w 2001 roku i niesie ze sobą znaczenie dążenia do jedności jako państwo federalne, przy jednoczesnym poszanowaniu autonomii każdej z wysp. To emoji ukazuje polityczne ideały i nadzieje Komorów na harmonijne współistnienie ich różnorodnych wysp.