Biel na fladze oznacza śnieg na szczytach gór i pokój, a błękit reprezentuje wolność i niebo. Trzy wieże pośrodku to ważny symbol przedstawiający trzy fortece chroniące San Marino.

San Marino zostało założone przez chrześcijanina uciekającego przed prześladowaniami ze strony Cesarstwa Rzymskiego i uważa „Wolność (LIBERTAS)” za swoją najważniejszą wartość. Słowo to jest kluczową częścią tożsamości narodu, wpisane nawet w herb. Symbolizuje małego, ale silnego ducha niezależności.