O sol no centro representa a liberdade, e as três estrelas significam as principais ilhas das Filipinas: Luzon, Visayas e Mindanao. A cor azul simboliza a paz, e o vermelho simboliza a coragem, tendo um significado profundo.

O mais interessante sobre esta bandeira é que ela pode ser invertida. Em tempos de paz, a faixa azul fica no topo, mas em tempos de guerra, a faixa vermelha, que simboliza a coragem, é hasteada no topo. Uma bandeira nacional que muda o seu design com base na situação é muito rara em todo o mundo.