O branco na bandeira significa a neve nos picos das montanhas e a paz, enquanto o azul claro representa a liberdade e o céu. As três torres no centro são um símbolo importante que representa as três fortalezas que protegem San Marino.

San Marino foi fundado por um cristão que fugia da perseguição do Império Romano e considera a 'Liberdade (LIBERTAS)' seu valor mais importante. Esta palavra é uma parte fundamental da identidade da nação, estando até inscrita no brasão de armas. Simboliza um pequeno, mas forte, espírito de independência.