O triângulo azul representa o Rio Nilo, a fonte da vida, enquanto a estrela amarela em seu interior significa a esperança e a unidade da nação. Desta forma, a bandeira incorpora a identidade do Sudão do Sul e suas esperanças para o futuro.

O design desta bandeira deriva da bandeira do Movimento de Libertação do Povo do Sudão, que conduziu o país à independência. Ela também usa as cores pan-africanas (vermelho, verde e preto), comuns em muitas bandeiras africanas, para expressar solidariedade com o continente africano. Assim, pode ser usada simbolicamente para falar sobre independência, novos começos e esperança.