Triunghiul albastru reprezintă fluviul Nil, sursa vieții, în timp ce steaua galbenă din interiorul său semnifică speranța și unitatea națiunii. În acest fel, steagul întruchipează identitatea Sudanului de Sud și speranțele sale pentru viitor.

Designul acestui steag este derivat din steagul Mișcării de Eliberare a Poporului Sudanez, care a condus țara spre independență. De asemenea, folosește culorile panafricane (roșu, verde și negru), comune multor steaguri africane, pentru a exprima solidaritatea cu continentul african. Astfel, poate fi folosit simbolic pentru a vorbi despre independență, noi începuturi și speranță.