Синий треугольник символизирует реку Нил, источник жизни, а жёлтая звезда внутри него — надежду и единство нации. Таким образом, флаг воплощает в себе самобытность Южного Судана и его надежды на будущее.

Дизайн этого флага основан на флаге Народно-освободительного движения Судана, которое привело страну к независимости. Он также использует панафриканские цвета (красный, зелёный и чёрный), распространённые на флагах многих африканских стран, чтобы выразить солидарность с африканским континентом. Поэтому его можно использовать символически, говоря о независимости, новых начинаниях и надежде.