แถบสี่สี ได้แก่ สีเหลือง สีขาว สีแดง และสีน้ำเงิน เป็นตัวแทนของเกาะโมเอลี มายอต อองจูออง และกร็องด์กอมอร์ตามลำดับ พระจันทร์เสี้ยวเป็นสัญลักษณ์ของศาสนาหลักของชาติคือศาสนาอิสลาม

ธงปัจจุบันถูกนำมาใช้ในปี 2001 และมีความหมายถึงการแสวงหาความสามัคคีในฐานะสหพันธรัฐโดยเคารพการปกครองตนเองของแต่ละเกาะ อีโมจินี้แสดงให้เห็นถึงอุดมการณ์ทางการเมืองและความหวังของคอโมโรสในการอยู่ร่วมกันอย่างกลมกลืนของเกาะต่างๆ