สามสี ได้แก่ แดง ขาว และน้ำเงิน ได้รับแรงบันดาลใจจากธงชาติฝรั่งเศสและเป็นตัวแทนของเสรีภาพ ความเสมอภาค และภราดรภาพ ตราแผ่นดินตรงกลางเป็นสัญลักษณ์ของเอกราชและอธิปไตยของชาติ

ธงปารากวัยเป็นหนึ่งในไม่กี่ธงในโลกที่มีด้านหน้าและด้านหลังแตกต่างกัน ด้านหน้ามีตราแผ่นดิน ส่วนด้านหลังมีตรากระทรวงการคลัง ทำให้มีความพิเศษไม่เหมือนใคร แม้ว่าอีโมจิจะแสดงแค่ด้านหน้า แต่เรื่องราวที่ซ่อนอยู่นี้ก็ทำให้ธงนี้พิเศษยิ่งขึ้น