ธงนี้มีพื้นฐานมาจากตราอาร์มที่สมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 1 แห่งสเปนพระราชทานให้ในปี 1502 และยังถือเป็นหนึ่งในธงที่เก่าแก่ที่สุดในยุโรปอีกด้วย

ยิบรอลตาร์เป็นดินแดนของสหราชอาณาจักร แต่ก็เป็นสถานที่ที่มีความซับซ้อนเนื่องจากสเปนก็อ้างสิทธิ์ในอธิปไตยเช่นกัน ธงนี้จึงเป็นสัญลักษณ์ที่แสดงถึงอัตลักษณ์อันแข็งแกร่งและความภาคภูมิใจในการปกครองตนเองของชาวยิบรอลตาร์ ซึ่งมีความหมายทางการเมืองมากกว่าการเป็นแค่ธงประจำดินแดน