สีต่างๆ บนธงเป็นสัญลักษณ์แทนชาวแอฟริกัน แสงแดด และภราดรภาพตามลำดับ ส่วนนกกระเรียนหงอนสีเทาตรงกลางคือนกประจำชาติของยูกันดา ซึ่งแสดงถึงธรรมชาติที่อ่อนโยน

ธงผืนนี้เริ่มใช้พร้อมกับการประกาศเอกราชของประเทศในปี 1962 นกบนธงมีชื่อเสียงเป็นพิเศษจากการออกแบบที่เป็นเอกลักษณ์ โดยหันหน้าไปข้างหน้าซึ่งหมายถึงการก้าวไปสู่อนาคต