น่าแปลกที่การออกแบบธงนี้เกือบจะเหมือนกับธงของลิสบอน เมืองหลวงของโปรตุเกส ซึ่งเกี่ยวข้องอย่างลึกซึ้งกับประวัติศาสตร์การพิชิตเซวตาของโปรตุเกสในศตวรรษที่ 15

ตราแผ่นดินตรงกลางธงเหมือนกับของโปรตุเกส สะท้อนถึงประวัติศาสตร์การพิชิตเซวตาซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของยุคแห่งการสำรวจ ดังนั้นธงนี้จึงเป็นมากกว่าสัญลักษณ์ของเมือง แต่ยังรวบรวมประวัติศาสตร์อันยาวนานของการแลกเปลี่ยนและความขัดแย้งระหว่างยุโรปและแอฟริกาไว้ด้วย