ธงนี้ถูกนำมาใช้ในปี 1994 หลังสิ้นสุดนโยบายการแบ่งแยกสีผิว (apartheid) ซึ่งหมายถึงการก้าวข้ามความแตกแยกในอดีตและเข้าสู่ยุคใหม่แห่งความสามัคคี

แม้ว่าสีทั้งหกจะไม่มีความหมายที่กำหนดไว้อย่างเป็นทางการ แต่ก็รวมสีจากธงดัตช์และอังกฤษในอดีต รวมถึงธงของสภาแห่งชาติแอฟริกัน (ANC) ซึ่งแสดงถึงความพยายามที่จะโอบรับพลเมืองทุกคน เป็นสัญลักษณ์ที่เปี่ยมไปด้วยจิตวิญญาณแห่งการให้อภัยและการปรองดองของประธานาธิบดีเนลสัน แมนเดลา