สีน้ำเงินและสีแดงบนธงเป็นตัวแทนของพรรคการเมืองหลักสองพรรคในขณะนั้น ส่วนสีขาวหมายถึงสันติภาพระหว่างทั้งสองฝ่าย ดวงดาวเป็นสัญลักษณ์ของความซื่อสัตย์และอำนาจของประเทศ

ปานามามีชื่อเสียงด้านคลองปานามาซึ่งเป็นศูนย์กลางของอุตสาหกรรมการขนส่งทางเรือทั่วโลก ดังนั้นธงนี้จึงมักปรากฏในการสนทนาเกี่ยวกับเรือ ด้วยเหตุนี้ อีโมจินี้จึงเป็นมากกว่าสัญลักษณ์ของชาติธรรมดาๆ แต่ยังสื่อถึงการค้าระหว่างประเทศและโลจิสติกส์อีกด้วย