ตราสัญลักษณ์ตรงกลางธงมีที่มาจากตำนานการก่อตั้งอาณาจักรแอซเท็ก เป็นภาพนกอินทรีกำลังจิกกินงูอยู่บนต้นกระบองเพชร ซึ่งแสดงถึงตำนานการค้นพบเมืองหลวงแห่งใหม่

ด้วยตราสัญลักษณ์ที่เป็นเอกลักษณ์นี้ ธงเม็กซิโกจึงถือเป็นหนึ่งในธงที่มีความโดดเด่นที่สุดในโลก แม้ว่าโทนสีจะเหมือนกับธงอิตาลี แต่สัญลักษณ์ในตำนานนี้มีบทบาทสำคัญในการแสดงอัตลักษณ์เฉพาะตัวของเม็กซิโกอย่างชัดเจน