Mavi üçgen yaşam kaynağı olan Nil Nehri'ni, içindeki sarı yıldız ise ulusun umudunu ve birliğini ifade eder. Bu şekilde bayrak, Güney Sudan'ın kimliğini ve geleceğe yönelik umutlarını bünyesinde barındırır.

Bu bayrağın tasarımı, ülkeyi bağımsızlığa götüren Sudan Halk Kurtuluş Hareketi'nin bayrağından alınmıştır. Ayrıca, Afrika kıtasıyla dayanışmayı ifade etmek için birçok Afrika bayrağında yaygın olan Pan-Afrika renklerini (kırmızı, yeşil ve siyah) kullanır. Bu nedenle, bağımsızlık, yeni başlangıçlar ve umut hakkında konuşmak için sembolik olarak kullanılabilir.