Dört şerit rengi olan sarı, beyaz, kırmızı ve mavi sırasıyla Mohéli, Mayotte, Anjouan ve Grande Comore adalarını temsil eder. Hilal, ülkenin ana dini olan İslam'ı simgeler.

Mevcut bayrak 2001'de kabul edilmiştir ve her adanın özerkliğine saygı duyarak federal bir devlet olarak birlik arayışı anlamını taşır. Bu emoji, Komorlar'ın çeşitli adalarının uyumlu bir şekilde bir arada yaşama konusundaki siyasi ideallerini ve umutlarını gösterir.