Bốn màu sọc—vàng, trắng, đỏ và xanh dương—lần lượt đại diện cho các đảo Mohéli, Mayotte, Anjouan và Grande Comore. Hình trăng lưỡi liềm tượng trưng cho tôn giáo chính của quốc gia là Hồi giáo.

Lá cờ hiện tại được thông qua vào năm 2001 và mang ý nghĩa theo đuổi sự thống nhất như một nhà nước liên bang trong khi tôn trọng quyền tự trị của mỗi hòn đảo. Biểu tượng cảm xúc này thể hiện lý tưởng chính trị và hy vọng của Comoros về sự chung sống hài hòa giữa các hòn đảo.