Hình tam giác màu xanh dương tượng trưng cho sông Nile, nguồn sống, trong khi ngôi sao màu vàng bên trong nó biểu thị cho hy vọng và sự đoàn kết của quốc gia. Theo cách này, lá cờ thể hiện bản sắc và hy vọng vào tương lai của Nam Sudan.

Thiết kế của lá cờ này bắt nguồn từ cờ của Phong trào Giải phóng Nhân dân Sudan, tổ chức đã lãnh đạo đất nước giành độc lập. Nó cũng sử dụng các màu sắc Liên Phi (đỏ, xanh lá và đen), phổ biến trên nhiều lá cờ châu Phi, để thể hiện tình đoàn kết với lục địa này. Do đó, nó có thể được sử dụng một cách biểu tượng khi nói về độc lập, sự khởi đầu mới và hy vọng.