Ba màu—đỏ, trắng và xanh dương—được lấy cảm hứng từ quốc kỳ Pháp và đại diện cho tự do, bình đẳng và bác ái. Quốc huy ở trung tâm tượng trưng cho nền độc lập và chủ quyền của quốc gia.

Quốc kỳ Paraguay là một trong số ít quốc kỳ trên thế giới có hai mặt khác nhau. Mặt trước có quốc huy, trong khi mặt sau có con dấu của kho bạc, làm cho nó rất độc đáo. Mặc dù biểu tượng cảm xúc chỉ hiển thị mặt trước, câu chuyện ẩn giấu này làm cho lá cờ càng thêm đặc biệt.