مثلث آبی نشان‌دهنده رود نیل، منبع حیات، است، در حالی که ستاره زرد درون آن به معنای امید و اتحاد ملت است. به این ترتیب، این پرچم هویت سودان جنوبی و امیدهای آن برای آینده را در خود جای داده است.

طرح این پرچم از پرچم «جنبش آزادی‌بخش خلق سودان» که کشور را به استقلال رساند، گرفته شده است. همچنین از رنگ‌های پان-آفریقایی (قرمز، سبز و سیاه) که در بسیاری از پرچم‌های آفریقایی رایج است، برای ابراز همبستگی با قاره آفریقا استفاده می‌کند. بنابراین، می‌توان از آن به صورت نمادین برای صحبت در مورد استقلال، شروع‌های جدید و امید استفاده کرد.