Ce drapeau a été adopté en 2006. Le chapeau noir « Mokorotlo » au centre symbolise l'identité nationale du Lesotho et représente un souhait d'unité et de stabilité pour le pays.

Connu comme le « Royaume dans le Ciel », le Lesotho est un pays dont l'ensemble du territoire est en haute altitude. Ce drapeau a été créé pour marquer le 40e anniversaire de l'indépendance, incarnant les aspirations du peuple à un avenir pacifique. Il a remplacé les armes de l'ancien drapeau par un symbole de paix.