Le soleil sur le drapeau signifie le « nouveau soleil de la Liberté » et a été inspiré par les paroles de l'hymne national. Ce design, adopté en 1995, est devenu un symbole du nouveau départ de la nation.

Auparavant, le « Soleil de Vergina », symbole de l'ancien royaume de Macédoine, était utilisé, mais il a été remplacé par le design actuel en raison d'un différend historique avec la Grèce. C'est un cas intéressant où un seul drapeau renferme l'histoire complexe et les luttes identitaires entre nations.