สีน้ำเงินหมายถึงสถาบันกษัตริย์ สีแดงหมายถึงประชาชน และปราสาทนครวัดสีขาวเป็นสัญลักษณ์ของศาสนา (ศาสนาพุทธ) และความยุติธรรม เป็นการออกแบบที่แสดงถึงค่านิยมหลักของชาติผ่านสีและสัญลักษณ์ได้อย่างกลมกลืน

ธงชาติกัมพูชาถือเป็นหนึ่งในไม่กี่กรณีพิเศษที่มีการวาดภาพอาคารจริงลงบนธงชาติ ปราสาทนครวัดซึ่งเป็นมรดกโลกของยูเนสโกเป็นแหล่งความภาคภูมิใจและเอกลักษณ์ที่ยิ่งใหญ่ของชาวกัมพูชา ดังนั้น อีโมจินี้จึงสื่อความหมายที่ลึกซึ้งกว่าสัญลักษณ์ของชาติธรรมดา โดยแสดงถึงประเทศที่โอบรับมรดกทางวัฒนธรรมอันยิ่งใหญ่