สีขาวบนธงหมายถึงหิมะบนยอดเขาและสันติภาพ ในขณะที่สีฟ้าอ่อนหมายถึงเสรีภาพและท้องฟ้า หอคอยสามแห่งตรงกลางเป็นสัญลักษณ์สำคัญที่แสดงถึงป้อมปราการสามแห่งที่ปกป้องซานมาริโน

ซานมาริโนก่อตั้งโดยชาวคริสต์ที่หลบหนีการกดขี่ข่มเหงจากจักรวรรดิโรมัน และยึดถือ 'เสรีภาพ (LIBERTAS)' เป็นคุณค่าที่สำคัญที่สุด คำนี้เป็นส่วนสำคัญของอัตลักษณ์ประจำชาติ ถึงขนาดที่สลักไว้บนตราอาร์ม เป็นสัญลักษณ์ของจิตวิญญาณแห่งความเป็นอิสระที่เล็กแต่แข็งแกร่ง