สีฟ้าอ่อนบนธงบอตสวานาหมายถึงน้ำและฝนซึ่งเป็นแหล่งกำเนิดของชีวิต ในขณะที่แถบสีดำและสีขาวแสดงถึงความปรองดองและการอยู่ร่วมกันของเชื้อชาติ เป็นการแสดงออกทางภาพของคำขวัญประจำชาติที่ว่า "ขอให้ฝนจงตกลงมา"

ธงนี้ถูกนำมาใช้พร้อมกับการประกาศเอกราชของประเทศในปี 1966 แถบสีดำและสีขาวยังเป็นสัญลักษณ์ของม้าลายซึ่งเป็นสัตว์ที่พบได้ทั่วไปในประเทศ ทำให้เป็นการออกแบบที่น่าสนใจที่ทำให้นึกถึงสัตว์ป่าอันอุดมสมบูรณ์ของบอตสวานา