ดวงอาทิตย์บนธงหมายถึง 'ดวงอาทิตย์ดวงใหม่แห่งเสรีภาพ' และได้รับแรงบันดาลใจจากเนื้อเพลงชาติ การออกแบบนี้ซึ่งนำมาใช้ในปี 1995 ได้กลายเป็นสัญลักษณ์ของการเริ่มต้นใหม่ของชาติ

ก่อนหน้านี้มีการใช้ 'ดวงอาทิตย์เวอร์จินา' ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของอาณาจักรมาเกโดเนียโบราณ แต่ได้เปลี่ยนเป็นการออกแบบปัจจุบันเนื่องจากข้อพิพาททางประวัติศาสตร์กับกรีซ นับเป็นกรณีที่น่าสนใจของธงผืนเดียวที่บรรจุประวัติศาสตร์อันซับซ้อนและการต่อสู้ทางอัตลักษณ์ระหว่างชาติไว้