يمثل المثلث الأزرق نهر النيل، مصدر الحياة، بينما ترمز النجمة الصفراء بداخله إلى أمل الأمة ووحدتها. وبهذه الطريقة، يجسد العلم هوية جنوب السودان وآماله في المستقبل.

تصميم هذا العلم مستمد من علم الحركة الشعبية لتحرير السودان، التي قادت البلاد إلى الاستقلال. كما أنه يستخدم ألوان الوحدة الأفريقية (الأحمر والأخضر والأسود)، الشائعة في العديد من الأعلام الأفريقية، للتعبير عن التضامن مع القارة الأفريقية. وبالتالي، يمكن استخدامه بشكل رمزي للحديث عن الاستقلال والبدايات الجديدة والأمل.