สามเหลี่ยมสีน้ำเงินหมายถึงแม่น้ำไนล์ซึ่งเป็นแหล่งกำเนิดของชีวิต ส่วนดาวสีเหลืองข้างในเป็นสัญลักษณ์ของความหวังและความสามัคคีของชาติ ด้วยเหตุนี้ ธงจึงสะท้อนถึงเอกลักษณ์ของซูดานใต้และความหวังสำหรับอนาคต

การออกแบบธงนี้มาจากธงของขบวนการปลดปล่อยประชาชนซูดานซึ่งนำประเทศไปสู่เอกราช นอกจากนี้ยังใช้สีกลุ่มแพนแอฟริกัน (แดง เขียว และดำ) ซึ่งพบได้ทั่วไปในธงของหลายประเทศในแอฟริกา เพื่อแสดงความเป็นน้ำหนึ่งใจเดียวกันกับทวีปแอฟริกา ดังนั้นจึงสามารถใช้เป็นสัญลักษณ์ในการพูดถึงเอกราช การเริ่มต้นใหม่ และความหวังได้